Санатана Госвами был одним из самых близких спутников Господа Шри Чайтаньи. Обстоятельства его жизни сложились так, что в течение долгого времени он и его брат Рупа были вынуждены служить министрами в мусульманском правительстве Хуссейн Шаха.
Спустя некоторое время они встретились с Господом Чайтаньей в городе Рамакели. Эта встреча стала поворотным моментом в истории Гаудия-вайшнавизма. Шри Рупа смог сразу же отречься от службы в правительстве. Он расстался со всеми своими богатствами, заработанными во время службы, пожертвовав половину вайшнавам, четверть отдав своим родственникам и спрятав четверть на случай непредвиденных расходов. Но Санатана был вынужден продолжить работу в правительстве.
Говорят, что Хуссейн Шах относился к Санатане, как к своему младшему брату, и так как большую часть своего времени он проводил в военных походах и на охоте, он очень сильно зависел от Санатаны в делах управления государством.
Разгневанный попытками Санатаны оставить государственную службу, правитель приказал бросить его за решетку. Узнав, что его старший брат арестован, Рупа Госвами передал ему десять тысяч золотых монет, чтобы использовать их для побега.
Вскоре Санатана Госвами пришел в Бенарес и отправился к тому дому, где остановился Шри Чайтанья. Когда он подошел к дому, Господь сразу же сказал хозяину, что у дверей стоит великий вайшнав, которому надо оказать почтение. Но когда хозяин вышел, то увидел пред собой лишь какого-то нищего странника и не пустил его в дом. Но Шри Чайтанья сказал, что именно его Он и хочет видеть, и когда Санатана Госвами вошел, Он подбежал и обнял его.
Шри Чайтанья Махапрабху оставался в Бенаресе два месяца и все это время он объяснял Санатане Госвами философию Гаудия-вайшнавизма. Затем Он повелел ему отправится во Вриндаван, дав следующие наставления: 1) проповедовать чистое преданное служение богу, обосновав доктрины чистой преданности; 2) обнаружить затерянные места игр Кришны и описать их; 3) установить служение божеству Кришны во Вриндаване; и 4) написать книги об основах философии Вайшнавизма, а также о правилах и регулирующих принципах преданного служения.
Когда Санатана Госвами прибыл во Вриндаван, там не было ни одного храма. И первый храм, который был построен во Вриндаване, – Мадан-Мохан Мандир – появился там усилиями Санатаны Госвами. Он написал «Брихад-бхагаватамриту», комментарии на «Хари-бхакти-виласу», «Шримад-Бхагаватам» и другие книги.
Санатана Госвами оставил этот мир в 1558 году. Согласно «Гаура-ганоддеша-дипике», в духовном мире Санатана Госвами является Лавангой Манджари, близкой подругой Рупы Манджари.